O CFFa e o CRFa têm suas funções regidas pela Lei 6965/81 e constituem, em conjunto, uma autarquia federal. O CFFa tem como principal função definir as normas e atos que norteiam o exercício profissional. O órgão também acompanha e fiscaliza as ações dos Conselhos Regionais, inclusive prestando contas ao Tribunal de Contas da União.
Os Conselhos Regionais zelam pelo cumprimento do que está previsto na Lei, no Código de Ética Profissional, nas Resoluções e Portarias do Conselho Federal, tendo, portanto, função executiva. Nesse sentido, orienta e fiscaliza o exercício profissional na área de sua jurisdição. A expedição dos registros profissionais, a orientação profissional, a instauração de processos ético-disciplinares e/ou administrativos e o julgamento de infrações são algumas das responsabilidades dos Conselhos Regionais.
Ao zelar pelo exercício regular da profissão, em observância às determinações do Código de Ética, de outras Leis, Resoluções e Portarias, os Conselhos de Fonoaudiologia protegem não apenas o fonoaudiólogo, mas a profissão, além de proporcionar melhores condições para que a população tenha um atendimento adequado ao consultar um fonoaudiólogo. Os Conselhos protegem o próprio Fonoaudiólogo daqueles que exercem inadequadamente e/ou ilegalmente a profissão.
Os Conselhos de Fonoaudiologia têm como premissa básica reafirmar valores éticos com o objetivo de proteger a integridade moral da profissão, dos profissionais e dos usuários diretos.